ELFi tegevust suunav nõukogu käib koos neli korda aastas ja 1/3 liikmetest valitakse ümber iga kahe aasta tagant. ELFi nõukogu roll on anda juhatusele, töötajatele ja vabatahtlikkele suunised tegevuste planeerimisel (iga-aastase tegevuskava ja eelarve kinnitamine) ning nõustada fondi töötajaid erinevate teemade käsitlemisel. Nõukogu liikmed töötavad vabatahtlikkuse baasil. Nõukogu valib igal paarisaastal kolmandiku oma koosseisust ümber.

Rainer Nõlvak - nõukogu esimees, Curonia Research nõukogu esimees ja Let's do it Global eestvedaja
Andres Arrak - majandusteadlane, Eesti Ettevõtluskõrgkool Mainor, ettevõtluse instituudi direktor
Rein Einasto - geoloog, Tallinna Tehnikakõrgkooli professor
Üllas Ehrlich - majandusteadlane, Tallinna Tehnikaülikooli keskkonnaökonoomika professor
Ahti Heinla - Skype asutaja ja Let's do it Global eestvedaja
Mart Jüssi - hülgeuurija, riigikogu saadik
Rainer Kuuba - maastikuökoloog, Võru Instituudi direktor
Henri Laupmaa - IT ettevõtja, Goodwill Group Ltd juhataja
Sakarias J. Leppik - ortodoksi vaimulik ja ühiskonnategelane
Riinu Rannap - zooloog, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituudi teadur
Andres Tarand - kliimauurija
Uudo Timm - lendoravauurija, Keskkonnateabe Keskuse keskkonnaregistri osakonna juhataja
Daniel Vaarik - meediauurija, vabakutseline konsultant
Katarina Veem - merebioloog, Stockholmi Rahvusvaheline Veeinstituut