1990. aastal luuakse Riiklik Metsaamet. Keskkonnaministriks oli aastatel 1990-1991 metsateadlane Toomas Frey.

1992. Riigikogu võttis vastu Maareformi seaduse, mille kandvaks ideeks oli õigusvastaselt võõrandatud maa tagastamise läbi korvata ajaloolist ebaõiglust. Kuna maareform venis, läks suurem raiumine erametsades lahti alles 1994-1995. Riik hakkas metskondadele tagasi andma nende kunagist juriidilist iseseisvust. 1. märtsil eraldatakse metsatööstus riigimetsa majandamisest, mille haldamiseks lülitatakse Metsaameti alluvusse riigimetsamaade talitused, metskonnad, riigijahipiirkonnad, puukoolid. Metsaameti peadirektorina asub tööle Andres Talijärv. Keskkonnaminister oli siis geograafiakandidaat Tõnis Kaasik. Eestis raiuti toona keskmiselt ligi 3 miljonit m3 puitu aastas.

1993. Ebasoodus turukonjunktuur maailmaturul pidurdab järjest kasvavat puiduvarumist. Riigimetsade talitlused asendatakse 15 maakonna metsaametitega. Riigikogu võttis vastu metsaseaduse, mis põhines suuresti 1934. aasta metsaseadusele. Keskkonnaminister oli aastatel 1992-1994 Andres Tarand. Keskmine aastane raiemaht jäi isegi alla 3 miljoni kuupmeetri.

1995. Keskkonnaministeerium käivitas Eesti Metsanduse Arenguprogrammi, mille tulemusel valmis dokument «Eesti metsapoliitika». Programmi koostamisel võeti eeskuju Skandinaaviamaadest ning see dokument pani aluse liberaalsele metsapoliitikale, järelvalve ning metsaplaneerimise kadumisele. 1994-1995 oli ministriks Vootele Hansen, 1995. aastal sai ministriks Villu Reiljan. Aastane raiemaht ei ületanud sellel aastal 4 miljoni m3 piiri.

1996. Osade arenguprogrammi koostajate eestvõttel hakati Eestis esmakordselt rääkima metsade sertifitseerimisest.

1997. Moodustatakse Metsaameti peadirektori käskkirja alusel Metsamajanduse Ökonoomika- ja Infokeskuse 8 regionaalosakonda. Riigimetsas algas ulatuslik koondamine - aasta lõpuks pidi 184 metskonnast alles jääma vaid pool. Kuvand halli habemega hellalt männikoort silitavast metsavahist kadus jäädavalt ajalukku. Algas tolleaegse ühe suurima puiduärimehe Mart Eriku pankrotiprotsess, mis jättis võlausaldajad ilma 50 miljonist kroonist. Spetsialistide hinnangul lõppes Eriku pankrotiga nö kauboikapitalismi aeg Eesti metsatööstuses. Riigikogu kiitis heaks Eesti keskkonnastrateegia, mille alusel töötati välja Eesti Riiklik Keskkonnategevuskava, mis andis raiemahud puuliikide viisi. Ametliku statistika kohaselt lähenes aastane raiemaht juba pea 6 miljoni m3. Metsapoliitika järgi on maksimaalne võimalik aastane puidukasutuse suurus kõigis Eesti metsades 7,8 miljonit tihumeetrit, kuid seda tingimusel, et raie- ja uuenemise eeskirju järgides tagatakse metsavarude taastumine. Okaspuidu osakaal peaks metsapoliitika järgi moodustama vaid 48% kogu raiutavast puidust.

1998. Riigikogu kiidab heaks uue metsaseaduse, mis näeb ette riigimetsa majandamise Riigimetsa Majandamise Keskuse (RMK) poolt. Mida aeg edasi, seda rohkem tundus, et metsanduses on kord ikka täiesti ära. Keegi ei teadnud enam täpselt palju erametsades raiuti, polnud taasmetsastamiskohustust jms. Ametliku statistika kohaselt raiuti siis 6 miljonit m3 puitu aastas, tegelik maht küündis aga 9 miljoni m3-ni. Keskkonnakaitsjate hinnangul oli aga isegi 7,6 miljonit m3 liig, mis liig.

1999. Riigimetsa Majandamise Keskus alustab tegevust keskkonnaministeeriumi valitsemisalas endiste riigimetskondade, puukoolide, koolituskeskuste, jahialade ning Metsamajanduse Ökonoomika- ja Infokeskuse õigusjärglasena. Võru tolleaegne maavanem Robert Lepikson kutsus Võrus kokku metsaga tegelevate ametnike ümarlaua, kus arutati metsanduses valitsevat kaost. Ümarlaual öeldi välja mõte metsaregistri loomise vajadusest. Sealt sai alguse Eesti Metsainfosüsteemi (EMIS) loomise idee. Keskkonnaministriks sai Heiki Kranich, kes esines mitme tõsise avaldusega segaduse aadressil metsanduses, kuid avaldusteks need ka jäid. Hakatakse tegema statistilist inventuuri raiete tegeliku mahu mõõtmiseks. Inventuuri tulemusel raiuti sellel aastal Eestis reaalselt üle 12 miljoni m3 puidu aastas.

2000. Olukord metsastatistika alal oli sedavõrd hull, et Statistikaamet lõpetas raiestatistika kogumise, kuna keskkonnateenistustest tulnud andmed raiete kohta olid kaugel tegelikkusest. Riiklik Metsaamet lõpetas tegevuse. Andres Talijärv suundus tööle keskkonnaministeeriumi metsaosakonna juhatajaks, seejärel keskkonnaministeeriumi metsanduse n?unikuks.

2001. 2000-2001 aasta raiemaht oli üle 11 miljoni tihumeetri, kuuse raiemaht oli ligikaudu 150% arengukavas ettenähtud mahust. Keskkonnaminister on Heiki Kranich ja metsaosakonda juhib Aigar Kallas. ELF ja Eesti Roheline Liikumine taandavad ennast metsanduse arengukava (MAK) koostamise protsessist, tehes ettepaneku kogu protsessi huvigruppe reaalselt kaasates uuesti alustada. 2001 aasta detsembris algabki MAK 2010 uus väljatöötamine uuendatud lähteülesande põhjal.

2002. 2001-2002 oli raiemaht üle 11 miljoni tihumeetri, kuuse raiemaht oli ligikaudu 150% metsanduse arengukavas ettenähtust. Lõppes Eesti Metsakaitsealade Võrgustiku (EMKAV) projekt, mille käigus planeeriti kaitse alla võtta ligikaudu 37 000 ha Eesti metsi. Lõppes ka Vääriselupaikade inventeerimise projekt, mille käigus leitud vääriselupaigad moodustasid Eesti tulundusmetsast ca 1%. Võeti vastu Eesti Metsanduse Arengukava, kus sätestati puuliigiti optimaalsed raiemahud ja samuti seati eesmärgiks võtta range kaitse alla vähemalt 10% Eesti metsadest. Asutati Erametsaliit.

2003. 2002-2003 aasta raiemaht oli üle 9 miljoni tihumeetri, kuuse raie ületas metsanduse arengukavas määratletud mahtu.

2004. 2003-2004 raiehooajal raiuti alla 7 miljoni tihumeetri, kuuse raie oli langenud allapoole metsanduse arengukavas ettenähtud ikka suurem kui arengukavas sätestatud maht. Rakvere metsaühistu metsaomanike läbib edukalt grupisertifitseerimise. Eesti Roheline liikumine avalikustas uuringu, mille järgi kuni 50% Eestis raiutavast puidust on illegaalne.

2005. Algas uue metsaseaduse koostamise protsess. Olav Etverk otsustas anda majandamisse tagasi 10000 ha EMKAV. EKO ja RMK sõlmivad hea tahte kokkuleppe. RMK alustab oma kuivendusstrateegia koostamise protsessi. EKO saatis RMK sertifitseerijale SmartWoodile kirja, milles nõudis RMK esitatavate parandusnõuete täitmisel suuremat järjepidevust. Ministeeriumi poolt tellitud illegaalsete raiete uuringu andmeil oli Eestis aastatel 1999-2002 illegaalsete raiete osakaal 10%, kusjuures arvestati vaid raienõuete rikkumist.

2006. Keskkonnaminister on Villu Reiljan ja Metsaosakonna juhataja Erik Kosenkranius. Riigikogu võttis 31. mail vastu uue metsaseaduse. ELF nõukogu kritiseeris uut metsaseadust, heites ette järgmist:
a) metsade majandamise kavandamisel käsitletakse metsa kõigest puude kogumina, ignoreerides metsa kui ökosüsteemi teisi tunnuseid, väärtuseid ja funktsioone; b) metsade raiumisele läheneb riik metsale kinnistupõhiselt, ignoreerides sellega metsa kui elusüsteemi terviklikku olemust ja sellest tulenevaid riske; c) metsaseaduse eelnõu välistab püsimetsanduse võimalikkuse ja propageerib kõige keskkonnavaenulikuma raieviisi - lageraie kasutamist.; d) uus seadus ei paku tõhusat lahendust Eesti metsade kõige väärtuslikumate osade nn vääriselupaikade kaitsele erametsades.
Lembit Laks müüs protestiks Eesti metsanduses valitseva olukorra vastu oma 700ha metsaomandi. Stora Enso initsiatiivil moodustatud Viljandimaa metsaomanike grupp saab endale FSC metsamajandamise sertifikaadi. Rakvere metsaomanike grupp ei pea siiski otstarbekaks. EKO teatab avalikult, et ei ole rahul RMK tegevusega kuivendusstrateegia koostamisel.