2000. aastal otsustasid ELF ja LKÜ Kotkas osta kaasomandisse koolihooneks sobiva maja ja seal looduskooli arendama hakata. 2001. aasta sügisel ostetigi sobiv hoone, Hollandi ja Taani fondidelt saadi ka abi koolihoone esmaseks renoveerimiseks.

Palupõhja looduskooli loodushariduslikud tegevused käivitusid septembris 2004, mil LKÜ Kotkas, Eestimaa Looduse Fond ja Tartu Keskkonnahariduse Keskus (TKHK) sõlmisid koostöölepingu programmilise loodusharidusliku tegevuse arendamiseks Palupõhja looduskoolis.

Looduskool avati pidulikult õppetööks 24. oktoobril 2006. a.

Looduskooli tegevused 2004-2005 – laagriprogrammid

Sügisel 2004 ja talvel 2005 töötas keskkonnahariduse keskus välja 2- ja 3-päevased loodusõppe programmid Palupõhja looduskooli jaoks: Sügisprogramm, Talveprogramm, Kevadprogramm, Suveprogramm. Programmid põhinevad erinevatel ettevalmistatud moodulitel, mis arvestavad Alam-Pedja looduskaitseala ning looduskooli vahetut ümbrust, samuti õppimist looduses kõigil aastaaegadel. Pilootprojektina on läbi viidud üks kahepäevane talvine ja üks sügisene õppeprogramm.

Juulis-augustis toimusid 3-päevased looduslaagrid Puurmani ja Puhja koolidele, praktikumipäevad Forseliuse ja Tamme Gümnaasiumi loodushuvilistele. Augustis võõrustati Jõgeva Kodutütarde 5-päevast laagrit Jõgevamaa riskigrupi lastele. Toimusid ka kaks nädalast talgureisi, mille käigus aidati kaasa Alam-Pedja loodusväärtuste hoidmisele. Talgud toimusid ELFi talgureisiprojekti raames ja töid viidi läbi koostöös LKÜ Kotkaga. Osalejaid olid Saksamaalt ja Inglismaalt, koostööpartneriteks Global Nature Fund ja British Trust for Conservation Volunteers.

Looduskooli tegevused 2005-2006 – koolihoone renoveerimine

Tööd algasid 2005. a septembris peale nahkhiirte äralendu. Töid rahastas Keskkonnainvesteeringute Keskus. 2006. a jaanuaris sõlmiti koostööleping Lõunakeskus OÜga, kelle toetust kasutati Palupõhja looduskooli renoveerimisel kaasfinantseeringuks ja 2006. aasta sügisest regulaarse loodusõppe läbiviimise alustamisega seotud kulude katteks. Lisaks on saanud KIKi poolse rahastuse Palupõhja looduskoolile vajaliku õppeinventari soetamine (soetused tehakse 2006. aasta sügisel ja talvel).

Looduskooli tegevused 2006

Koostöös Tartu Keskkonnahariduse Keskusega on sügisel 2006 toimumas 11 kahepäevast õppereisi õpilastele, toimunud ja toimumas on mitmed koolitused täiskasvanutele, sh Terioloogiaseltsi sügiskool, loodusõpetust on jagatud mitmetele Tartumaa koolidele, korraldatud on erinevate looduskaitse- ja loodusvarade haldamisega seotud organisatsioonide kohtumisi. 2006.a sügisel on koostatud Palupõhja õpperaja materjalid Palupõhja lindude, loomade tegevusjälgede, lodumetsa, luhaniidu, jõe ja jõekalda ning niidu elustiku tundmaõppimiseks.

Looduskooli tegevused 2007

2007. aastal viidi tegevusi läbi peamiselt LKÜ Kotkas poolt Robert Oetjeni korraldusel. Kooliruume kasutati nii õppetööks kui ka mõttetalguteks. Nii toimusid seal ELFi töötajatele arenguseminar, talgujuhtide ja naftareostustõrje-alane koolitus; Eesti FSC Töörühma
säästva metsanduse alane seminar; Palupõhja külapäevad; Riikliku Looduskaitsekeskuse, Keskkonnainspektsiooni ja Politsei kohtumine järelvalve teemal; MTÜ Ruumiloojad "Sügiskool"; laste ja noorte loodusfotolaagrid; Puhja, Nõo, Elva, Tartu koolide laste
looduslaagrid; Tallinna Inglise Kolledzi õppepraktikum; Tartu Loodusmaja ja Tartu Keskkonnahariduskeskuse õppepäevad ja looduslaagrid. Kokku toimus üle 30 ürituse, millel osales üle pooletuhande  inimese.

Palupõhja looduskoolis on praegu olemas kooli õppetegevuseks sobiv hoone, tulemas on loodusvaatlusteks ja uurimisteks vajalik õppeinventar, välja on töötatud loodusprogrammid nii õpperaja läbimiseks kui 2-3 päevasteks pikemateks looduslaagrite läbiviimiseks.

Laste ja noorte loodusfoto laagrid – 2008. aastal on toimunud 4 loodusfoto laagrit noortele Eesti eri paikadest. Juhendajateks olid Sven Zacek (15.-17. veebruar), Jaanus Järva (9.-11. mai ja 3.-5. oktoober) ja Arne Ader (24.-26. august). Tegevusi on toetanud KIK – projekti nr. 238. Eesmärk on Palupõhja looduskooli baasil läbi viia aastaringsed temaatilised laagriprogrammid süvendatud loodushuviga lastele. Läbi laagrite heade juhendajatega loodame noortele pakkuda uusi teadmisi, innustust ja elamusi loodusest.

2008 aastal alustati KIKi rahastatud projektiga (Looduskaitse programm projekti nr. 90) mille eesmärgiks on arendada Palupõhja looduskooli õueala infrastruktuuri õppetingimuste parandamiseks. 15. novembri seisuga on kooliõues rajatud katusealune õueklass koos laudade ja pinkidega, õuesöögi laua ja pinkide komplekt, uus kaevumaja, kuivkäimla ja maakividest laotud pika lõõriga suitsuahi. Enne aastalõppu valmivad lõkkeplats koos laudade ja pinkidega ja katusealune (u 30m2)         “kalatuba” koos massiivpuidust laudade ja pinkidega. Projekt viiakse läbi vastavalt maastikuarhitekti Helle Väärsi poolt koostatud looduskooli õueala planeeringule. Pildil looduskool koos uue kaevumajaga (valminud oktoober 2008)