Läbi ajaloo on ELFis töös olnud mitmeid liigikaitselisi projekte, millest praegu on käigus kolm:lendorava-, nahkhiirte ja hülgeprojekt.

Liigikaitselised tegevused ELFis tulenevad ELFi tegevuse eesmärgist, milleks on loodusliku mitmekesisuse säilitamine Eestis ja maailmas koostöös üksikisikute, ettevõtete, organisatsioonide ja riigiasutustega.