Natura-varinimestik koostati - nagu teisteski liikmesmaades - enne Euroopa Komisjoni ja liikmesmaade vastavaid läbirääkimisi (nn biogeograafilist seminari), mis Eesti osas toimus 2005.a. detsembris. Koostajateks olid mitmed Eesti valitsusvälised looduskaitseorganisatsioonid (Eestimaa Looduse Fond, Pärandkoosluste Kaitse Ühing, Eesti Loodushoiu Keskus) ja eksperdid akadeemilistest ringkondadest (TÜ, EMÜ jne). Varinimestiku kiht on edastatud Eesti Keskkonnaministeeriumile ja Euroopa Komisjoni
asjassepuutuvatele üksustele (keskkonna-peadirektoraat ja Pariisi teemakeskus)

Varinimestiku alad on üheks põhiliseks allikaks, mille abil liikmesmaa saab esitada täiendusi nende elupaigatüüpide ja liigi-elupaikade osas, mida Euroopa Komisjon liikmesriigilt juurde küsib. Et vastav protsess on käimas, on varinimestiku osas ka Eesti Keskkonnaministeeriumis sel aastal peetud mitmeid nõupidamisi ja nende käigus oleme varinimestikku ka korrigeerinud ja parandanud.

Et varinimestiku alad hõlmavad ka haruldaste liikide elupaiku, mille avalikustamine on looduskaitseseaduse § 53 kohaselt keelatud, ei ole vastavat MapInfo-kaardikihti koos lisaandmetega üles riputatud. Varinimestiku kiht on olemas EELISes (keskkonnaregistris), tutvud saab Keskkonnateenistusest ja LKK regiooni kontoris.

Need varinimestikus olevad alad, mis kavatsetakse arvata Natura-võrgustikku, võetakse kaitsealana, hoiualana, püsielupaigana vm siseriikliku kaitstava loodusobjektina kaitse alla ka Eesti seaduste kohaselt. Selle menetluse käigus mõistagi kaasatakse ka vastavad maaomanikud ja -kasutajad, nagu seadused ette näevad.