Kuivõrd looduskaitse ja maaelu ning põllumajandus on omavahel tihedas seoses, on ka ELF aastate jooksul tegelenud mitmete maaelu puudutavate projektidega. Viimaste aastate jooksul on kattuvaid tegevusi eelkõige ELFi mereprogrammiga seonduvalt.

Maaelu programmi tegevuste eesmärgiks on keskkonnateadlikkuse edendamine põllumajandustootjate ja tarbijate seas, vähendamaks tootmisega kaasnevaid kahjulikke mõjusid loodusele. Näiteks, põllumajanduse intensiivistamise asemel on võimalik valida tootele lisandväärtuse andmine.

Selliselt toimib Lääne-Eesti rannikualade lihaveisekasvatus, kus loomaliha tootmine on ühendatud liikide ja elupaikade hoidmisega. Loodussõbralikumaid tootmisvõtteid võiks rakendada nii intensiivse põllumajandustoomise piirkondades kui ka tegevuse hääbumise tõttu võsastuvates piirkondades. Samal ajal on näha, et elanike huvi otsekontaktide järgi toidutootjatega suureneb. Loodussõbralikel, mitmekülgsetel turismitaludel on suurenev potentsiaal, kuna teisiti pole paljudel linlastel võimalik maaeluga lähedalt kokku puutuda. Info levik põllumajandusega seotud loodusväärtustest aitab tõsta elanikkonna keskkonnateadlikkust, aidates kaasa ka rohelisele tarbimisele.

Praegu jälgib ELF ühise põllumajanduspoliitika (ÜPP) uue perioodi kavandamist ja esitab oma ettepanekud arengukavadesse. Ettepanekuid loe siit

2011. algas projekt „Toitainete koormuse vähendamine Läänemerre ja pärandkoosluste majandamine“. Lühend „SNOWBAL“

2007 ja 2008 a. tegeles ELF maaelu suunal peamiselt GMO teemadega, esitades sh. ettepanekuid GMO teemat reguleerivasse seadusandlusesse ja juhtides tähelepanu pestitsiidide kasutusega seonduvatele probleemidele.

ELF peab ka maaelu vallas oluliseks EL keskkonnaõiguse aluspõhimõtte - ettevaatusprintsiibi rakendamist. Ettevaatusprintsiip on meie lähtekoht geneetiliselt muundatud organismide (GMO) teema käsitlemisel. Eesti peaks edendama võimalikult keskkonnasõbralikku põllumajandust, jäädes riigiks, kus

- geneetiliselt muundatud põllukultuure ei kasvatata
- pärandmaastike säilitatakse läbi nende traditsioonilise kasutusviisi
- toetatakse kõigi Eesti ohustatud ja kohalike loomatõugude säilitamist
- viljeletakse säästlikku looduskasutust, sh loodussõbralikku metsamajandamist, võimalikult väikest toitainete kannet veekogudesse.

2008. aastast alates annab ELF välja Aleksei Lotmani poolt algatatud Parima noore loodustaluniku auhinda.

Parim noor loodustalunik selgitatakse välja nende noorte talupidajate hulgast, kes toodavad kas mahemeetodil, keskkonda säästvalt või aitavad oma tegevusega kaasa loodusliku mitmekesisuse säilitamisele või suurendamisele.

2009. aastal andis ELF esmakordselt välja ka kõige Läänemeresõbralikuma põllumajandustootja auhinna Maailma Looduse Fondi (WWF) ja Läänemeremaade Talunike Keskkonnafoorumi (BFFE) algatatud konkursil, mille eesmärgiks on leida parimaid läänemeresõbralikke põllumajanduspraktikaid - praktikaid, mis vähendavad põllumajandusest tulenevat Läänemere saastekoormust.  Mõlemad konkursid toimuvad ka 2010.aastal.

2009 algas projekt „Keskkonnahoidlike põllumajandusviiside alase Eesti-Läti koostöövõrgustiku arendamine" lühend „Demo Farm".

2006.aastal olid töös järgmised maaelu teemalised projektid:

Maalamba kui põlisväärtuse säilitamine Eestis. Rahastaja: UNESCO. Partnerid: Eesti Maalamba Ühing, Tartu Ülikooli erizooloogia töörühm, OÜ Tõhela Loomaarst; SA Kihnu Väina Merepark. Projektijuht: Kaia Lepik

Projekti eesmärk oli leida teaduslikku kinnitust tähelepanekutele, et peamiselt Lääne-Eesti saartel leidub veel ajaloolisele kirjeldusele vastavaid, tänapäeva kultuurtõugudest eristuvaid maalambaid. Ajalooliselt kujunenud geneetiliste ressursside hoidmine ja koduloomade kasutamine nende põlisel eesmärgil (N.lammast villaandjana) on oluline nii bioloogilise mitmekesisuse kui rikkaliku kultuuripärandi säilimiseks.

UNESCO kaitse all on Kihnu saare vaimupärand/subkultuur ja Lääne- Eesti saarestiku biosfääri kaitseala - peamiselt just neis piirkondades on säilinud ka vähesed ajaloolisele maalamba kirjeldusele vastavad populatsioonid. Olles liitunud bioloogilise mitmekesisuse konventsiooniga on Eesti riik võtnud endale kohustuse säilitada nii ökosüsteemide-, liikidevahelist kui liigisisest geneetilist mitmekesisust. 2006.a. kevadtalvel toimusid UNESCO toel karjade ülevaatused ja proovide kogumine, millele järgnesid geneetilised uuringud Soome Põllumajandusuuringute Keskuses. UNESCO projekti käigus uuritud 212 maalambale sarnaneva välimiku või asukoha tõttu meile huvipakkuva lamba DNA proovide võrdlemisel asjakohaste kultuur- ja ümberkaudsete maade põlistõugudega leiti, et ca 1/3 lammastest grupeerus eesti tumedapealiste hulka ja eesti valgepealiste hulka. Ülejäänud lammastel on Soome uurimisgrupi sõnul Eesti "tagapõhi", need lambad ei grupeerunud ühegi vaadeldud Soome, Vene, Norra, Rootsi ja Taani tõu hulka, vaid jagunesid väiksemateks populatsioonideks, kelle geneetiline "profiil" ei olnud iseloomulik ristanditele. UNESCO projekt võimaldas enamiku teadaolevate karjade ülevaatuse; meie esivanemate elus ja kultuuris olulist rolli kandnud põlise villaandjaga seotud materjalidega tutvumist ja edasist tutvustamist. Kogutud teadmiste põhjal jätkub töö eelkõige projektipartnerite poolt edasiviiduna.

Keskkonnaorganisatsioonide, põllumajandustootjate ja tarbijate teadlikkuse tõstmine GMO-dest ja nendega kaasneda võivatest riskidest. Rahastaja: Euroopa Komisjon, PHARE programm. Partnerid: Eesti Mahepõllumajanduse SA, Eestimaa Talupidajate Keskliit, Eesti Roheline Liikumine. Projektijuht: Kaia Lepik

Eesmärgiks oli GMO-alase teadlikkuse tõstmine, sh projekti elluviijate juriidilise suutlikuse tõstmine GMO-ga seonduvates küsimustes ning kaasamisprotsessides osalemine. Arendati koostööd mitmete välismaiste keskkonnaorganisatsioonidega. Toimusid seminarid, avaldati infolehti, voldik "Geenmuundatud põllukultuurid" ja projekti käigus kogutud teadmisi kokku võttev trükis "Geneetiliselt muundatud põllukultuurid ja nendega seotud riskid".  Tarbijatel, põllumajandustootjatel ja keskkonnaorganisatsioonidel tekkis võimalus saada eestikeelset infot GM põllukultuuridega kaasnevatest mõjudest. Vt ka http://eko.org.ee/gmo/ .

Varasemalt on ELF kaasa aidanud maapiirkondade loodussäästlikule arengule Väinamere projekti raames. Põhipartner Uurimiskeskus Arhipelaag Hiiumaal, (rahastaja Rootsi WWF, SIDA), mille käigus algatati rannakarjamaade ja puisniitude (taas)hooldamine karjatamise teel. Projekti käigus toodi Eestisse esimesed šoti mägiveised, samuti herefordi ja aberdiin-anguse tõugu lihaveiseid, teadvustati pool-looduslike koosluste hooldamise vajadust, korraldati õppereise, anti välja mitmeid trükiseid. Looduskaitsjate ja kohalike talunike koostöös on karjatatud tuhandeid hektareid rohumaad, sadu hektareid puhastatud võsast, rajatud mitu matkarada, koolitatud kohalikke elanikke (nii talunikke kui käsitöö tegijaid), mille tulemusena on loodud mitmed väikesed eraettevõtted, sh. käsitööpood Lihulas. Oluliselt on laienenud randa sobiv lihaveisekari, mis sai alguse Rootsi WWF-i annetusest.

DEFRA projekti raames toetati säästlikku elustiili ja loodushoidu Kesselaiul. Projekti raames osteti saare ainsatele elanikele traktor pool-looduslikke rohumaade niitmiseks, tuulegeneraator ja päikesepatareid elektri tootmiseks.

Maaeluga on seotud ka ELFi talgureiside projekt, mille käigus on aastaid korraldatud talgureise erinevatele looduskaitsealadele ja väikesaartele (rajatud on kõre kui ohustatud liigi elupaiku, ehitatud lambaaedu, kopleid eesti hobustele, taastatud puisniitu, ehitatud matkaradasid jpm) ja õigusabi projekt, mille käigus on antud avalikes huvides tasuta keskkonnaõigusabi.
Arhusi projekti (NGO Capacity Development for Implementation of the Aarhus Convention) (rahastja NEPCon, Taani) raames loodi Eesti Keskkonnühenduste Koda (EKO), mille esindaja kuulub ka Maaelu Arengu Nõukogusse. EKO peamiseks eesmärgiks on läbi erinevate valitsusväliste keskkonnaorganisatsioonide koostöö jälgida ja vajadusel mõjutada keskkonnapoliitikat.